ตั้งแต่วันที่ 19 มกราคม 2566 เป็นต้นไป ขบวนรถไฟทางไกล สายเหนือ สายใต้ สายอีสาน ของขบวนรถด่วนพิเศษ รถด่วน รถเร็ว จำนวน 52 ขบวน จะมีการปรับเปลี่ยนสถานีต้นทาง ปลายทางจากสถานีกรุงเทพ (หัวลำโพง) เป็นสถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ที่ได้พัฒนาและยกระดับให้เป็นศูนย์กลางการเดินทาง
โดยขบวนรถไฟทางไกลสายเหนือและสายอีสาน ที่ออกจากสถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ จะวิ่งบนโครงสร้างทางยกระดับเช่นเดียวกับรถไฟฟ้าชานเมืองสายสีแดง
โดยสถานีรายทาง หรือสถานีระดับพื้นดินเดิม ขบวนรถไฟทางไกล ไม่หยุดรับ-ส่ง ผู้โดยสาร เพื่อลดปัญหาจุดตัดทางรถไฟทั้งอุบัติเหตุและการจราจรติดขัดในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ได้แก่
– ที่ป้ายหยุดรถ กม.11
– สถานีบางเขน
– ที่หยุดรถไฟทุ่งสองห้อง
– สถานีหลักสี่
– ที่หยุดรถการเคหะ กม.19
ขบวนรถไฟทางไกลสายใต้ ที่ออกจากสถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ จะวิ่งบนโครงสร้างทางยกระดับเช่นเดียวกับรถไฟชานเมืองสายสีแดง และหยุดรับ-ส่งผู้โดยสารที่สถานีบางบำหรุ
ส่วนขบวนรถธรรมดา ขบวนรถชานเมือง และขบวนรถนำเที่ยวทุกสาย ยังคงให้บริการต้นทาง-ปลายทางที่สถานีกรุงเทพ (หัวลำโพง) ตามเดิม